27 maart 2012

Ooievaar of oehoe te koop? boycot Marktplaats!

VARA Vroeg Vogels actie tegen het verkopen van wilde vogels op marktplaats:


Geef het door aan zoveel mogelijk familie en bekenden. Vroege Vogels tv was al op bezoek bij Marktplaats, maar de directeur weigert om mee te werken.

Hier een voorbeeld van een te koop aangeboden Oehoe: 


die in een veel te krappe kooi wordt gehouden, en op deze manier geen leven heeft. Als je zoekt op oehoe zie de meest exotische soorten te koop aangeboden: Turkmeese Oehoe, Europese Oehoe, Afrikaanse Oehoe, etc. Dit soort vogels horen überhaupt niet in een kooi. Over grasparkieten en kanaries valt nog te twisten. Maar voor wilde vogels als ooievaar, oehoe, etc is iedere kooi te klein. Vogels moeten kunnen vliegen. Trekvogels als de ooievaar leggen duizenden kilometers af. Daar zijn ze op gebouwd. Daarom horen ze niet in gevangenschap. Vogels zijn geen objecten die je te koop aanbiedt! Vogels horen vrij te zijn zoals deze buizerd die ik afgelopen weekend fotografeerde:

Buizerd hoog in de lucht
is de plaats waar deze vogels thuishoren
Niet in een kooi!
Je gaat deze gave vogel toch ook niet in een hokje stoppen? Iedereen kan aanvoelen dat zo'n dier een ellendig leven heeft in een hok.

Wat kun je nog meer doen behalve een handtekening zetten?
  • Maak gebruik van de mogelijkheid om een tip te geven dat een te koop aangeboden 'object' in strijd is met de regels van marktplaats. (u hoeft geen account te hebben om te tippen). Als veel mensen een te koop aangeboden vogel 'tippen' dan gaat marktplaats de aanbieding beoordelen.
  • email deze adverteerder
Volgens de info op marktplaats over beschermde dieren zijn 'Sommige exotische vogels (zoals veel typen Zuid Amerikaanse parkieten, adelaars en valken)' beschermde dieren en mogen niet verhandeld worden. Als adelaars en valken verboden zijn, waarom zou je dan wel mogen handelen in Oehoe's?

Volgens Gezondheids- en Welzijnswet voor Dieren (GWWD) (ook op marktplaats vermeldt) is het verboden 'bij een dier onnodig pijn of letsel te veroorzaken, of zijn gezondheid of welzijn aan te tasten en een dier de nodige verzorging te onthouden'. Wie durft te beweren dat het welzijn van vogels zoals de oehoe in een te krappe kooi niet is aangetast? Als iedereen een roofvogel kan kopen, wie garandeert dat zo'n dier de nodige verzorging krijgt? De vogelbescherming werd gebeld door een meisje of haar uil die ze als verjaardagskado had gekregen ook iets anders at dan witbrood! Dat soort dingen dus ...

Postscript zondag 1 april 

Ondertussen zijn meer dan 18.000 handtekeningen verzameld. Méér handtekeningen zijn nodig. Ondertussen staan meer dan 13 organisaties achter de actie tegen Marktplaats, waaronder Vogelbescherming, Dierenbescherming, Milieudefensie en WNF. Actuele info op Vroege Vogels website.

Postscript 15 april
Op zaterdag 14 april besteedde het VARA consumentenprogramma Kassa aandacht klachten over een handelaar in papegaaien die jongen van de Grijzeroodstaart papegaai verkocht (500 euro), die later besmet bleken te zijn met een dodelijk virus. (de diertjes gingen vroegtijdig dood). De handelaar verkocht zijn papegaaien via Markplaats. Hoe kun je zo dom zijn om dit soort vogels via marktplaats te kopen? Weer een voorbeeld dat marktplaats meewerkt aan een immorele handel waar niet alleen de dieren zelf maar ook de kopers slachtoffer worden.

Postscript 29 april
De handtekeningactie tegen marktplaats staat nu op 33.000 handtekeningen. Er zijn vele politieke partijen, waaronder CDA (!) die de actie steunen.

Postscript 23 mei
Nepadvertenties tonen aan: Marktplaats staat illegale handel in wilde dieren toe. Vroege Vogels hebben door middel van lok advertenties aangetoond dat illegale handel van vogels gewoon mogelijk is op Marktplaats! Slimme actie! Voor elk aangeboden dier in de tussentijd is al een koper gevonden. Andere advertenties werden zelfs helemaal niet verwijderd, ook niet na tips van de politie. Hardere acties zijn nodig. De directeur is een koppig iemand en is kennelijk niet af te brengen van een eenmaal genomen besluit. Het wordt tijd dat er een hardere actie komt met radiospotjes die het imago van Marktplaats verder beschadigen. Wakker Dier heeft goede ervaringen met dat soortacties. Meestal zijn organisaties wel gevoelig voor imagoschade want dat is schadelijk voor de omzet.

Postscript 23 maart 2013
Vroege Vogels petitie werpt vruchten af
Sharon Dijksma (PvdA)

Staatssecretaris Sharon Dijksma van natuur presenteert maandag volgens ingewijden de 'Positieflijst voor Zoogdieren'. Hiermee wordt de handel in wilde dieren, zoals op Marktplaats, aan banden gelegd. Een succes dat mede te danken is aan jouw steun!

24 maart 2012

Kanttekeningen bij nrc artikel 'Snorkelen in Darwins vijver'

Snorkelen in 
Darwins vijver

In nrc weekend van vandaag 24 maart staat een aardig overzichtsartikel over het ontstaan van het leven: 'Snorkelen in Darwins vijver' (Lucas Brouwers). Om het kort te houden begin ik direct met kritiek: het artikel is enigszins 'misleidend' of tendentieus, in ieder geval incompleet, omdat het de Koonin-threshold (zie vorige blog) negeert. Je zou verwachten dat het gebalanceerd zou zijn, omdat er onderzoekers met tegengestelde opvattingen geinterviewed zijn.

Het duidelijkst blijkt dit uit het tekstkadertje bij de paginagrote illustratie:
"Een RNA molecuul slaagt erin zichzelf te vermeerderen. De RNA-ketens verspreiden zich als een virus door de rots..."
Maar volgens Koonin zijn er minimaal 13 RNA polymeren met een gezamelijke lengte van 1800 bases nodig om de RNA-wereld op gang te brengen. En de kans dat die ontstaan is vrijwel gelijk nul in ons universum. Nul is niet niks! Voor deze onoverbrugbare kloof neemt Koonin zijn toevlucht tot zo iets speculatiefs als multiversum!  Het nrc artikel stapt daar stilzwijgend fluitend overheen!

Een hint naar de Koonin-threshold is: "Ze dromen van een RNA molecuul dat zijn eigen vermeerdering katalyseerde."

Een zeer interessante opmerking, gezien mijn blog serie over DNA:
"Toch probeerden biochemici hun oersoepen zo te bereiden dat er RNA in ontstond. Ze faalden. Net als DNA bestaat RNA uit nucleotiden. Maar breng beide componenten, de ribose en base, in oplossing bij elkaar en er zal een akelige stilte vallen. De twee moleculen vormen géén nucleotide."
In het kader van de vanzelfsprekendheid van de Watson-Crick dubbele helix gezien de bestanddelen (zie eerdere blogs en discussie) en de wetten van chemische binding en vrije energie zou je ook verwachten dat uit een mengsel van de bestanddelen van DNA (suiker, base, fosfaat) automatisch DNA zou ontstaan. Dat wordt door het citaat kort en krachtig weerlegd.

Afgezien van deze kritiekpunten (en nog wat mogelijke kanttekeningen) is het artikel zeer de moeite waard.

21 maart 2012

Hoe Koonin het ontstaan van het leven verklaart: moedige poging of wanhoopsdaad?

21 okt: middengedeelte herschreven. 


In hoofdstuk 12, Origin of Life, van Eugene Koonin (2011) The Logic of Chance verkondigt Koonin een dermate opvallende theorie over het ontstaan van het leven dat ik die hier apart bespreek zonder het hele boek te bespreken. Dat is sowieso onmogelijk. Ik doe hier zelfs geen poging hoofdstuk 12 te bespreken. Het hoofdstuk is zondermeer het hoogtepunt van het boek. Wat voor het hele boek geldt, geldt zeker ook voor dit hoofdstuk: er staat te veel informatie in, om op een zinnige manier samen te kunnen vatten.

Koonin-threshold
Er is één zaak die er uit springt en waar ik wel over moet bloggen. En dat is wat ik de Koonin-threshold noem en met name zijn oplossing voor dit probleem. Nadat hij alle problemen ten aanzien van het ontstaan van het leven en alle mogelijke oplossingen heeft besproken, (en reken maar dat het een gezaghebbend en compleet overzicht is want hij heeft alles gelezen en er veel over gepubliceerd), komt Koonin uiteindelijk tot de conclusie dat er een minimale complexiteit van RNA moleculen nodig is vóórdat evolutie überhaupt een aanvang kan nemen. Specifieker: er zijn minimaal 13 RNA polymeren met een gezamelijke lengte van 1800 bases nodig om de RNA-wereld op gang te brengen (p.435). Dit noem ik de Koonin-threshold. U moet even zonder verdere toelichting aannemen dat dit de meest cruciale stap is in het ontstaan van het leven. Lukt die stap niet, dan is het ontstaan van het leven hier op aarde kansloos.

Je zou zeggen dat alle biologsiche problemen op te lossen zijn met evolutie. Maar evolutie werkt niet als er niet aan bepaalde randvoorwaarden voldaan is. De belangrijkste randvoorwaarde is: replicatie van het erfelijkheidsmolecuul moet voldoende betrouwbaar zijn. Die voorwaarden kunnen zelf niet het resultaat zijn van biologische evolutie. Maar van een soort chemische 'evolutie' en dat komt neer op toevallige chemische reacties. Vandaar het dilemma.

Wat is het maximaal haalbare?
De gangbare opvatting over het ontstaan van het leven is dat de huidige DNA/eiwit wereld vooraf gegaan moet zijn door een RNA-wereld, die weer vooraf gegaan moet zijn door een pre-RNA-wereld. Daarvoor is er pre-biotische chemie. De bouwstenen van RNA zijn geen onoverkomelijk probleem, en de evolutie van RNA-wereld naar de wereld van DNA en eiwitten is ook geen onoverkomelijk probleem volgens Koonin. Die laatste overgang zou standaard Darwiniaanse natuurlijke selectie zijn. Het probleem is dat het overwinnen van die Koonin-threshold extreem onwaarschijnlijk is.
Kunnen natuurlijke processen die totale lengte van 1800 bases produceren? Wat is de maximaal haalbare lengte van een geschikt RNA systeem dat zichzelf repliceert? Koonin rekent dat uit op basis van het totaal aantal bewoonbare planeten in ons universum, de totale tijdsduur sinds de Big Bang en het totale volume chemisch milieu waarin RNA geproduceerd kan worden maximaal een RNA molecuul van 102 bases kan produceren (p. 435). Dat ligt ver onder de Koonin-threshold. Die 1800 bases zijn dus niet haalbaar. Een andere manier om dit uit te drukken is: de kans dat die 1800 bases gevormd worden is kleiner dan 10-1018. Dat is zó klein dat het uitgesloten is dat het per toeval hier op aarde heeft plaatsgevonden.

Many Worlds in One
Maar nu komt het: Koonin's oplossing is dat een Many Worlds in One (MWO) model van het universum het wel mogelijk maakt. Nee, onvermijdelijk maakt. In het MWO zijn er een oneindig aantal exacte copieën van de aarde met alles er op en aan. Koonin geeft een toelichting op MWO in Appendix B. Hij realiseert zich dat velen dit een absurde oplossing zullen vinden (outrageous, repugnant). Het ziet er op het eerste gezicht uit als een wanhoopspoging. Een gebeurtenis die eerst onmogelijk was, wordt nu opeens onvermijdelijk. Dat gaat er bij mij maar moeilijk in. In strikte zin is het niet een ad hoc oplossing omdat de MWO onafhankelijke is bedacht door cosmologen om hun eigen problemen op te lossen [1]. Toch voelt het als ad hoc aan. Zelfs als MWO een respectabele wetenschappelijke theorie is. Het merkwaardige van de Koonin-threshold is dat de gebeurtenissen vóór en ná de threshold overgang eigenlijk geen onoverkomelijk probleem vormen (die voldoen aan normale kansberekeningen en chemische wetten). Het lijkt dus op het opvullen van een gat in je kennis. Eigenlijk alles op aarde wat niet extreem onwaarschijnlijk is, is geen probleem. Maar ik heb het gevoel dat het te hulp roepen van Many Worlds in One zeer ongewenste gevolgen heeft voor onze wetenschappelijke theorieën en nog veel meer. Waarom maar één onwaarschijnlijke gebeurtenis op aarde? Toevallig die gebeurtenis die het ontstaan van het leven verhindert? Waarom niet veel, zo niet oneindig veel onwaarschijnlijke gebeurtenissen? Waarom zou de spontane generatie van een bacterie dan niet mogelijk worden (verboden door Pasteur)? Ik ben echter bepaald geen Many Worlds in One expert, om te bepalen of dit geldige bezwaren zijn. Misschien is het meer een uitdrukking van mijn ontwetendheid op dat gebied. Voor mij voelt de oplossing van Koonin aan als zeer vergezocht, special pleading voor dat ene probleem dat je dwars zit. Evolutiebiologen doen doorgaans geen beroep op oneindig vele universums om hun problemen op te lossen. Aan de andere kant heb ik respect voor biologen als Koonin die het lef hebben zich in te lezen ver buiten hun eigen vakgebied.

Voorgangers
Er zijn in het verleden meerdere wanhoopsoplossingen voor het ontstaan van leven bedacht. Beroemd is die van Francis Crick (de medeontdekker van DNA) die opperde dat de eerste levensvorm door buitenaardse intelligentie op de aarde is 'uitgezaaid' [2]. Maar het probleem was veel te vaag omschreven en de oplossing was al helemaal vaag.

Maar ook al zou Koonin's oplossing totaal overbodig blijken te zijn, dan nog blijft het waar dat hij voor het eerst preciezer dan wie dan ook heeft aangewezen waar de bottleneck van het ontstaan van het leven ligt. En een probleem zeer precies definieren is een vooruitgang. Hij zegt zelf dat die berekening een ruwe benadering is. Maar het belang van de Koonin-threshold is niet het exacte getal, maar dat hij aangeeft welke RNA moleculen absoluut nodig zijn en de complexiteit daarvan. En natuurlijk waarom. Er zijn weinig anderen in staat om deze specificatie en bijbehorende berekening te geven. Zijn kennis op dat gebied is vrijwel onovertroffen. Zijn beheersing van het feitenmateriaal is fabelachtig. Daarom accepteer ik de Koonin threshold. Voor mij vormt dit het meest bijzondere en verbluffende onderdeel van het hele boek. Er valt nog heel veel over te zeggen.

De vooruitgang van de wetenschap
Maar ik voeg er mijn bescheiden mening aan toe: de  Koonin-threshold geldt voor de huidige stand van zaken in de wetenschap. Dat lijkt me niet zo'n gevaarlijke claim. Als je de geschiedenis van de wetenschap bestudeert, bijvoorbeeld hoe lastig het bleek om de genetische code te ontcijferen nadat de structuur van DNA al bekend was [3], dan besef je dat er een grote wetenschappelijke doorbraak nodig is van het formaat 1859 (Darwin), 1900 (Mendel) of 1953 (DNA). Zaken die we achteraf evident vinden, vormden toen onoverkomelijke obstakels voor de topwetenschappers van die tijd. Alle grote doorbraken waren onvoorzien en hadden revolutionaire gevolgen. Ik geloof ook dat er een grote wetenschappelijke doorbraak nodig is om aan te tonen dat de Koonin-threshold op natuurlijke wijze op aarde bereikt kan worden, zonder toevlucht te nemen tot drastische oplossingen als Many Worlds in One. Gezien het feit dat de grote ontdekkingen in de biologie tamelijk recent zijn (DNA is nog maar 60 jaar oud! het menselijk genoom is nog maar 10 jaar bekend!) en elkaar in hoog tempo opgevolgd hebben, ben ik niet pessimistisch. Het is simpel té vroeg om nu al met drastische oplossingen te komen.

Postscript donderdag 22 maart:

Gratis beschikbaar: Eugene Koonin (2007) The cosmological model of eternal inflation and the transition from chance to biological evolution in the history of life, Biology Direct 2007, 2:15 (geeft een 'samenvatting' van hoofdstuk 12)

Postscript 21 okt:
Middengedeelte (Wat is haalbaaar?) herschreven. Conclusies blijven hetzelfde.
Kopjes aangepast.

Postscript 31 aug 2013:
Op mijn website staat een iets uitgebreidere en geillustreerde bespreking van de Koonin-threshold.

Noten

  1. Robbert Dijkgraaf gaf de Paradiso lezing afgelopen zondag 18 maart over de Big Bang, multiversums, string theorie, etc, maar heeft met geen woord over het ontstaan van het leven gesproken. Is kennelijk niet relevant voor cosmologen. Andersom dus wel: cosmologie is belangrijk voor evolutiebiologen volgens Koonin.
  2. Francis Crick (1981) Life itself: its origin and nature.
  3. Horace Freeland Judson: The Eighth Day of Creation: Makers of the Revolution in Biology

14 maart 2012

Is een beetje straling gezond?

Afgelopen zaterdag 10 maart stond er in de wetenschapsbijlage van de nrc een artikel:  OF EEN BEETJE STRALING OOK GOED KAN ZIJN.


Het is naar aanleiding van het boek Stralingstekort - Stel dat straling eigenlijk goed voor je is (2011), wat de Nederlandse vertaling is van: Underexposed: What If Radiation Is Actually Good for You? uit 2005. (de engelse versie is niet meer leverbaar).
Er staat een bespreking van de Ned. vertaling op Wetenschap24, dus dat ga ik niet herhalen. De titel spreekt voor zich: de claim dat een lage dosis radioactiviteit goed voor je is.

In verband met mijn blog serie over DNA licht ik één passage uit het nrc artikel:
"Het betoog van Hiserodt is in het kort: ja, straling is altijd ongewenst want het kan tot kanker leiden. Maar DNA-beschadiging is sinds het bestaan van leven op aarde aan de orde van de dag en de cel beschikt over zeer effectieve DNA-reparatiemechanismen. En waar de reparatie tekortschiet, is er nog apoptose: de georganiseerde celdood en -afvoer. Niks geen kanker".
Mijn grootste bezwaar is dat 'het lichaam kan het hebben' niet hetzelfde is als 'het is gezond'. Als het gezond zou zijn, zou je leidingwater licht radioactief moeten maken, net zoals er vroeger fluor aan het drinkwater werd toegevoegd.

Ten tweede: ja, er bestaan DNA-reparatiemechanismen. Daar heb ik eerder over geblogd. Bezwaar: er bestaat genetische variatie voor die DNA-reparatie mechanismen onder mensen. Ik had al genoemd dat sommige mensen DNA-repair defecten hebben (DNA repair-deficiency disorder): Werner's syndrome, Cockayne's syndrome, Xeroderma pigmentosum. Mensen die toch al problemen hebben met DNA-repair zou ik niet een lage dosis radioactiviteit aanbevelen. Maar behalve deze extreme vormen, bestaan er meer dan 1000 genetische varianten van ruim 60 DNA-repair genen. Deze genetische variatie kan zowel positief als negatief uitpakken. Er zullen dus veel mensen in de bevolking zijn die niet ziek zijn, maar wel een minder efficient DNA-repair systeem hebben. Die mensen zullen dus meer moeite hebben met een lage dosis radioactiviteit. Daarom zou ik nog even wachten met radioactief drinkwater.

Vorige blog over DNA repair: 

2 maart 2012: Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven

10 maart 2012

Enkele verbazingwekkende feiten over zwakke plekken in DNA

Strachan, Read (2011) Human Molecular Genetics, p.412
Als vervolg op mijn blog Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven: even wat googlen in mijn eigen boekenkast en ik vond bovenstaand plaatje. Het geeft op een heldere manier een overzicht van de zwakke plekken van DNA (chemisch gezien).
Het plaatje laat 3 soorten chemische schade zien met 3 verschillend gekleurde pijltjes. De dikte van de pijltjes is een maat voor de frequentie van de schade. De bases hebben het kennelijk zwaarder te verduren dan de suikers (riboses). Bij de P groepen staan geen pijltjes. Je moet een chemicus zijn om precies te begrijpen wat en waarom er gebeurt, maar ook zonder chemische kennis is duidelijk dat schade aan bases de genetische informatie aantast. Of te wel: mutatie. Of: onherstelbare schade met celdood tot gevolg.

Schokkende feiten over zwakke plekken in DNA:

Hier volgen enige schokkende feiten, niet geschikt voor jeugdige kijkers:
  1. de-purination: in iedere menselijke cel gaan er dagelijks ongeveer 5000 Adenine of Guanine bases verloren door spontane hydrolyse van de base-suiker band.
  2. de-aminiation: in iedere menselijke cel worden er dagelijks ongeveer 100 Cytosines spontaan gede-amineerd. Daardoor veranderen ze in Uracil.
Dat hebben Watson en Crick er niet bijverteld in 1953! Misschien lijken 5100 foute bases op de totale omvang van menselijk genoom (3 miljard bases) niet veel, maar dit overleeft U niet als het niet gerepareerd wordt. Dagelijks!

Evolutie heeft een uitgebreid DNA-repair systeem ontwikkeld om al die chemische zwakheden van DNA te compenseren (zie vorig blog Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven). Dat zijn enzymen die dus ook weer gecodeerd zitten in het DNA. Een organisme kan daarmee de mate van DNA repair vergroten of verkleinen. In theorie zou een organisme mutatie-vrij kunnen zijn als het heel veel tijd en energie zou stoppen in het onderhoud van zijn/haar DNA. Is dat slim? Een paar overwegingen:

1e: evolutie komt tot stilstand zonder mutatie. Een soort kan zich niet meer (genetisch) aanpassen aan de (veranderende) omgeving.
2e: stoppen met muteren is alleen slim als je 'perfect' bent (als soort). Als je nog wat verbeterpuntjes hebt (als soort) kun je beter blijven muteren om je zwakke punten weg te kunnen werken.
3e: besparen op DNA onderhoud kan op korte termijn een competitief voordeel opleveren, maar misschien niet op lange termijn

In het volgende blog een verrassende manier waarop de sterke en zwakke punten van DNA aan het licht gebracht kunnen worden.

Bron:
Tom Strachan, Andrew Read (2011) Human Molecular Genetics 4th edition, Garland Science, paperback, 781 pag. (wel wat duur, maar dan heb je ook een compleet overzicht van de menselijke genetica).

Aankondiging:

zondag 11 maart BBC2 22:00 deel 2 van de fantastische 3-delige documentaire Orbit: Earth's extraordinary journey. Over de effecten die de baan van de aarde om de zon heeft op het leven op aarde. Ik heb de eerste aflevering gezien: echt de moeite waard.

05 maart 2012

RNA ligase

'Designer enzymes',
Michael P. Robertson and William G. Scott,
Nature 16 Aug 2007
"The authors used their method to isolate RNA ligase enzymes, which catalyse the formation of a bond between two pieces of RNA." (klik op figuur voor vergroting)
(het artikel is gratis, even googelen op de titel.) In rood de phosphodiester binding die twee RNA fragmenten verbindt.
Dit betekent dus dat de synthese van RNA gekataliseerd wordt door een RNA ligase enzyme.

oorspronkelijk bericht: Potential Origin of Primordial Protein Enzymes.
(met dank aan Martin voor de link). Let vooral op het kritisch kommentaar van Robert Shapiro er onder, die uitlegt waarom het onderzoek van Seelig and Szostak niet bijdraagt aan het Origin of Life onderzoek.

Behalve RNA ligase zijn er ook DNA ligases.

Sorry, dit is even een rommelig blog, het ging me vooral om het plaatje dat niet in een comment past.

02 maart 2012

Stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven

Ik schreef eerder dat DNA kennelijk voldoet, want het heeft al 3 miljard jaar niet onverdienstelijk zijn functie vervult als erfelijkheids molecuul. Maar dat is wat kort door de bocht. Dat bewijst niet dat de dubbele helix opzich stabiel is. De stabiliteit van DNA wordt schromelijk overdreven.


Aanstaande maandag 5 maart begint er een 4-daags congres Maintenance of Genome Stability op de Bahamas met als onderwerpen:

DNA repair, replication and recombination
DNA repair and genome stability
DNA damage checkpoints and the cell cycle
Genome instability, disease and aging

Honderden wetenschappers waaronder de Nederlander Jan Hoeijmakers zullen zich buigen over de vraag hoe de cel schade aan DNA repareert. Hoeijkmakers "cloned the first of many human DNA-repair genes and discovered the strong evolutionary conservation of DNA repair systems in general".

DNA blijft intact niet alleen dankzij zijn chemische stabiliteit van de dubbele helix, maar mede dankzij een waanzinnig complex DNA repair systeem (enzymen) dat uit tientallen genen bestaat. Als die repairsystemen niet goed werken wordt je ziek:

Retinoblastoma, Bloom syndrome, DiGeorge syndrome, Ataxia telangiectasia, Xedorerma pigmentosum, Cockayne's syndrome, Nijmegen Break syndrome, Werner syndrome, Non-polyposic hereditary colon cancer, breast cancer, ...

De oorzaken van DNA schade zijn velerlei:

bron: http://www.genomic-instability.org/

Laten we zeggen dat vanaf haar oorsprong DNA op zichzelf stabiel genoeg was om te komen tot het stadium van een eencellige eukaryote om vervolgens in staat te zijn om systemen te ontwikkelen die de integriteit van het genoom konden onderhouden door repair activiteiten. Want die repair systemen zijn grotendeels hetzelfde in gist en mens (evolutionair geconserveerd).

Natuurlijk kan een repair systeem niet een fundamenteel instabiel molecuul in stand houden, maar als DNA stabiel genoeg was, dan hadden we geen repair systeem nodig.

Op 13 mei houdt Jan Hoeijkmakers de Paradisolezing: Genonderhoud - het geheim van gezond oud.

Postscript zaterdag:

Nuttig als aanvulling: ancient DNA (bijv. van Neanderthaler, mammoet) is meestal of gemummificeerd of bevroren DNA, maar sterk beschadigd (gemuteerd, gefragmenteerd). Ancient DNA is enerzijds bewijs dat onder gunstige omstandigheden DNA niet onmiddellijk totaal uit elkaar valt als het organisme dood is, maar anderzijds een duidelijk bewijs dat je een levende cel nodig hebt met DNA-repair systemen om DNA intact te houden. De zwakheden van DNA worden blootgelegd in: 'Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal'.